Na podstawie zdjęć radiologicznych (obecnie niskodawkowe cyfrowe zdjęcia RVG), lekarz uzyskuje informację o liczbie i przebiegu korzeni zęba a przede wszystkim o kształcie, szerokości i przebiegu kanałów wewnątrz każdego korzenia – może ich być do 4 w jednym zębie. Dostęp do kanałów uzyskuje się poprzez mechaniczne opracowanie korony zęba usuwając jednocześnie bakterie próchnicy. Następnie z zakażonych kanałów usuwa się mechanicznie zainfekowaną miazgę a resztki bakterii pozostających na porowatych ściankach kanału unicestwia się za pomocą dezynfekcji - przepłukiwania środkiem chemicznym. Puste, oczyszczone i osuszone w ten sposób kanały wypełnia się obojętnym biologicznie preparatem zapewniającym szczelność przed ponownym wnikaniem bakterii np. gutaperką.

Etap mechanicznego opracowania jest udoskonalany poprzez zastosowanie przyrządów do maszynowego opracowywania kanałów wraz z zintegrowanym systemem pomiaru głębokości kanału. Powoduje to znaczące skrócenie czasu opracowania kanałów a tym samym całej procedury i stresu Pacjenta.

Obecnie dla zwiększenia precyzji w niewielkim polu zabiegowym jakim jest otwarta korona zęba stosuje się narzędzia powiększające – specjalistyczne mikroskopy stomatologiczne. Doświadczony lekarz operator dzięki pracy w powiększeniu może uzyskać lepsze wyniki leczenia w szczególności podczas powtórnego leczenia kanałowego i przypadków powikłanych.

Zabieg wykonywany jest w znieczuleniu i jest praktycznie bezbolesny.